Dat ‘grote, alomvattende, historische onderzoek’ naar het Nederlandse militaire optreden in Indonesië in de jaren 1945 tot 1950 gaat er dus toch komen. Het onderzoek mag vier jaar duren en de regering heeft 4,1 miljoen euro uitgetrokken voor de drie instituten die het project gaan uitvoeren: het Nederlands Instituut voor Oorlogsdocumentatie (NIOD), het Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde (KITLV) en het Nederlands Instituut voor Militaire Historie (NIMH). Enige tijd geleden, in 2012, hadden dezelfde drie onderzoeksinstituten al aangedrongen op zo’n soort onderzoek, maar toen vond de regering nog dat hierin geen rol was weggelegd voor de overheid. Dat was trouwens precies in de periode dat de overheid aanzienlijk kortte op de subsidie voor deze instellingen en een plan lanceerde tot samenvoeging in een cluster van instituten voor geesteswetenschappen. Het NIOD kwam succesvol in het geweer tegen het idee dat men weg moest van de Herengracht en diende op te gaan in een samenwerkingsverband, maar het Koninklijk Instituut voor de Tropen slaagde er niet in sluiting van zijn omvangrijke bibliotheek te voorkomen (het merendeel werd overgenomen door de Bibliotheca Alexandrina in Alexandrië (Egypte), de erfgoedcollectie ging naar de Universiteit Leiden, er werd nog wat verspreid over diverse instellingen en wat overbleef, werd weggegeven aan het publiek).
Dat die instituten pleitten voor een groot onderzoeksproject, is dus niet moeilijk te begrijpen. Het NIOD zal zich er meer dan ooit van bewust zijn geweest dat aan de bestudering van de bezetting en de Duitse tijd toch ooit een eind zal komen en dat dan een uitsluitend daarop gericht onderzoeksinstituut niet langer reden van bestaan zal hebben. Het had daarom al eerder de woorden Oorlogs-, Holocaust- en Genocidestudies aan zijn naam toegevoegd, want op dat gebied valt nog heel wat werk te verrichten. Het heeft bovendien met het Srebrenica-onderzoek bewezen ook tot ultra-contemporain historisch onderzoek in staat te zijn, al heeft dat wel heel veel tijd gekost en werd het in geschiedkundige kringen niet overal even juichend ontvangen. Bij dit onderzoek over ‘structureel geweld’ in Indonesië is tijdsoverschrijding niet erg. Integendeel, zolang een commissie aan het werk is, is de regering van het probleem af, dus die ‘vier jaar’ zal met een korrel zout moeten worden genomen, al is die messcherp berekende 4,1 miljoen wel een financiële stok achter de deur (voor het Srebrenica-onderzoek was er ongelimiteerd geld en was aanvankelijk ook geen tijdslimiet afgesproken, hoewel de politiek zeer ongeduldig werd toen het bijna zes jaar bleek te duren).
Het KITLV is het nationale instituut voor onderzoek gericht op Zuidoost-Azië en de Caraïben, waarbij de ‘speciale nadruk’ ligt op Indonesië en de ‘Nederlandse’ Caraïben. De huidige directeur, Gert Oostindie, is weliswaar gespecialiseerd in West-Indië, maar heeft zich recent ook op de studie van Nederlandse soldaten in Indië gericht en daar in 2015 een boek over geschreven, Soldaat in Indonesië; Getuigenissen van een man aan de verkeerde kant van de geschiedenis. Het NIMH van het ministerie van Defensie ten slotte is speciaal opgericht voor ‘de geschiedenis van de Nederlandse strijdkrachten in de periode van de Tachtigjarige Oorlog tot nu’, en dus de aangewezen instelling voor dit soort studies.